因為新七大奇蹟的評選完全依靠網民投票，虽然前后共有1亿左右的投票量，但仍然不能反映非网友的评价。此外整个评选过程被认为充斥着“商业味”，批评者的理由是：透過网上投票，每台電腦只能投一票，而透過購買纪念品等方法不限制投票数量，而且其揭曉儀式的入場券收入也是重要資金來源。[5]
埃及的評論把這次評選，視作挑戰吉薩金字塔作為唯一保存下来的古代世界七大奇迹的地位。評論員Al-Sayed al-Naggar在一份主要的國有报章的社論寫道：「這很可能是針對埃及的陰謀，打擊它的文化和古蹟。」埃及文化部長Farouq Hosni批評這項活動「荒唐」，又指發起人韋伯「最關心的是自我宣傳」。埃及研究世界遺產專家Nagib Amin指出：「這項投票除了有商業味，更是沒有科學根據。」[6]
受埃及指責後，基金會授予吉薩金字塔特殊地位，從候選名单中去除。網站的通知表示：「新七大奇蹟基金會將吉薩金字塔，就是唯一尚存的古代世界奇蹟，指定为新七大奇蹟的榮譽候選項目，並從候選名單中去除。」
聯合國教科文組織發表聲明，與新七奇蹟劃清界線，指投票結果與世界遺產完全無關，僅是反映投票網友的意見，對古蹟維護和保存並沒有實際意義。在一份2007年6月20日的新聞稿中，再次證實它和這項評選沒有任何關連[7]。新聞稿的其中一段說：「韋伯先生的媒體宣傳活動，與聯合國教科文組織藉由編錄世界遺產列表進行的科學和教育工作，完全沒有相似點。世界新七大奇跡名單，是一項私人活動的結果，只反映能連上網絡的人的意見，而不是整個世界的意見。這次活動的開展，不能以任何顯著和持續的方式，協助維護公眾選出的古跡。」
教廷亦不滿名單上沒有原基督宗教盛行地歐洲的基督教古蹟（雖然聖蘇菲亞大教堂原來是教堂建築，但在1453年以後被改為清真寺，而基督教的祈禱儀式在那裡是被禁止的，而里約熱內盧基督像位於南美洲）[8][9]
在新七大奇蹟公佈後，有很多人慶祝，但也有不少人感到憤怒，認為其國家的重要古跡遭不公平評選貶低了。一名知名的美籍柬埔寨作家Oudam Em，對柬埔寨傳奇建築吳哥窟的落選感到強烈不滿，他表示吳哥窟「無論比規模，比輝煌，比建築的精密，都明顯地把很多選上的遺跡遠遠比下去。」他續說：「世上如果真的有第八大奇蹟，卻不是吳哥窟的話，那就只因為這壯麗的古蹟沒有獲選上七大奇蹟。」[10]
復活節島摩艾石像的智利代表Alberto Hotus稱，主辦者韋伯致信表示，摩艾石像總得票排第八位，論「良心」是列在新七大奇蹟的。Hotus說他是唯一接到主辦單位道歉的參與代表。[11]